نرم افزارهای اصلاح نژاددام

نرم افزارهای اصلاح نژاددام

به نظر شما کدام نرم افزار بهتر است؟

به نقل ازآقای دکتر عبداللهی

این روزها زیاد از زبان متخصصان اصلاح نژاد شنیده می شود که فلان نرم افزار بهتر است، فلان نرم افزار خوب نیست. به عنوان مثال که می گوینددر کنگره علوم دامی یکی از حضار از سخنرانی پرسید "می گویند نرم افزار DFREML استفاده از آن منسوخ شده چرا از این نرم افزار استفاده کردی؟"باید به عرض اون آقایی که این سوال را پرسیدند برسانم که هیچ منبع معتبری این حرف را که جوابهای حاصل از نرم افزار DFREML اشتباه است را تا حالا نزده. بعدش دلیل اینکه خانم مییر هم در سایت نرم افزار wombat نوشته که من دیگر نرم افزار DFREML را حمایت نمی کنم این نیست که نرم افزار DFREML خوب نیست یا جوابهای حاصل از آن اشتباست. البته یک منبعی را یک بار دیدم (ولی الان فراموش کردم که عنوانش چی بود) نوشته بود DFREML در هنگام آنالیز مدل های پیچیده مانند رگرسیون تصادفی وقتی تعداد پارامترهای مدل خیلی زیاد شود امکان دارد به همگرایی نرسد و جواب هایی نهایی اشتباه باشند.

باید عرض کنم که محققان و اساتید عزیز به جای اینکه به نام نرم افزار یا نویسنده یا سال ارائه آن توجه کنند به روش برآورد پارامتر در نرم افزار توجه کنند. همه نرم افزارهای DFREML، Wombat، ASREML، DMU انتخاب روش و MATVEC برای برآورد پارامترهای مدل های خطی از روش REML استفاده می کنند، منتهی ممکن است از الگوریتم های همگرایی مختلفی استفاده کنند مثلاً یک نرم افزار از الگوریتم AIREML، نرم افزار دیگری از DFREML و نرم افزار دیگری از نیوتن رافسون و .... استفاده کند، که این الگوریتم ها هر کدام در رسیدن به همگرایی خصوصیات خودشان را دارند. بعدش شما نرم افزارها را بر اساس چه معیاری مقایسه می کنید؟

هیچ نرم افزاری را شما نمی توانید پیدا کنید که قابلیت حل تمام روش های آماری را در خود داشته باشد. مثلاً در نرم افزار MATVEC شما می توانید توزیع داده ها را برای آن مشخص کنید در صورتی که در نرم افزار DFREML، ASREML، Wombat و DMU این قابلیت ها وجود ندارد. شما می توانید برای آنالیز داده ها با روش بیزین از نرم افزار DMU و ThrGibbsf90 و MTGSAM استفاده کنید. یا برای آنالیز صفات آستانهای از نرم افزارهای ThrGibbsf90، MTGSAM وMATVEC استفاده کنید، در صورتی که نرم افزارهای دیگر این قابلیت ها را ندارند.

با توجه به اینکه همۀ نرمافزارهای بالا قابلیت آنالیز مدل های خطی را دارند و همه نیز از روش REML یا بیزین برای برآورد پارامترهای مجهول استفاده می کنند. پس در صورتی که حجم داده های شما به اندازه کافی باشد، مدل شما درست تعریف شده باشد و صفات شما پیوسته (رشد، شیر، پشم) باشند، خیلی نگران نتایج بدست آمده از نرم افزارهای مختلف نباشید. در ارتباط با مقایسه نرم افزارهای مختلف در اصلاح نژاد در برآورد پارامترهای ژنتیکی و ارزش های اصلاحی کاری را بنده و چند تا از همکارانم انجام داده ایم که انشالله هر چه زودتر چاپ شود تا محققین و محصلین ما بتوانند از نتایج آن استفاده کنند، ما تفاوت چندان مشهودی بین جوابهای حاصل از نرم افزارهای مختلف حتی در پیچیده ترین مدل ها هم ندیدیم. نتیجه جالب توجه ما این بود برآوردهای حاصل نه تنها از نظر برآورد نقطه ای بلکه از نظر برآوردهای فاصله ای (خطای استاندارد) برای نرم افزارهای مختلف مشابه بودند.

تفاوت اساسی این نرم افزارها از نظر کاربر پسندی و زمان محاسباتی بود. نرم افزارهایی که تجزیه و تحلیل را باستفاده از روش بیزین انجام می دهند مثل ThrGibbsf90 ، MTGSAM و DMU به علت استفاده از تکنیک نمونه گیری گیبس بر حسب تعداد نمونه گیری و حجم داده، تعداد صفات و مدل مورد استفاده از 15 تا 48 ساعت به زمان محاسباتی نیاز داشتند. سایر نرم افزارهای دیگر که از روش REML استفاده می کردند زمان محاسباتی آنها بسیار پایین بود.

از نظر کاربر پسندی نرم افزار Wombat نسبت به همه بسیار بهتر بود و کار با آن بسیار ساده بود.

البته یکسری از نرم افرار ها مانند BLUPf90 ThrGibbsf90 و ASREML نیاز داشتند که دادها را قبل از انالیز شماره دهی مجدد (Renumber) کنید به طوری که کمترین عدد شماره 1 و به همین ترتیب شماره های بعدی به رتبه های بعدی اختصاص داده شود. نرم افرار ASREML فقط قسمت شجره، نرم افزار BLUPf90 ThrGibbsf90تمام اثرات (ثابت و تصادفی) بایستی قبل از آنالیز Renumber Recode شوند.

یک قابلیت دیگری که نرم افزار DMU داشت این بود که سال تولد حیوانات بایستی در فایل شجره وارد شود، احتمال می دهم دلیل اضافه کردن این ستون به این نرم افزار به علت در نظر گرفتن گروهای فرضی (phantom Groups) باشد. نرم افزار ASREML یک نرم افزار جامع است (در علوم بیولوژیکی دیگر هم قابلیت استفاده دارد) و برای برآورد اثرات نشانگری در کارهای MAS و انتخاب ژنومیک می توان از آن استفاده کرد.

البته شما می توانید بر حسب سلیقه، هدف آنالیز و مزایای و معایب نرم افزارها که در بالا اشاره کردم نرم افزار مورد نظر خود را انتخاب کنید.

نرم افزارهای اصلاح نژاددام

مطالب مشابه :

عوامل موثر بر مرگ و مير گوساله ها

دانلود رايگان دفترچه سوالات كارشناسي ارشد علوم دامي 1391 + كليد سوالات

اصلاح نژاددام

کارشناسی ارشد علوم دامی

خوب بودن

نرم افزارهای اصلاح نژاددام

Professional Animal Science-مقالات علوم دامی تخصصی(ژورنال2012)-شماره(4)

نقش فیبردرجیره غذایی گاوهای شیری

فرآیند های فیزیولوژی تولید مثل در دام ها

کاربردHACCP درعلوم دامی(فصل6 :HACCP وتولیدآبزیان)